第一次运用冷冻干燥机时，必须对仪器各部件进行彻底的清洁，不锈钢的部件运用乙醇进行清洗，有机玻璃运用生理盐水进行清洗。安瓿瓶用超声波清洗机进行清洗。
　　冷冻干燥之前必须要进行预冻，欲动需求预备低温冰箱，零下40摄氏度，或者是零下80摄氏度的低温冰箱，把预备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，一般需求四个小时左右，可以直接从外面进行观察到，物品完全冰冻健壮后，才可进行冷冻干燥的实验，把物品迅速移动到冷冻干燥机托盘之内，以保证冷冻干燥作用。
　　主机与真空泵之间由绿色的真空管衔接，衔接处运用国际标准卡箍。这种卡箍为了有效避免空气的走漏，在卡箍内特被规划了一只密封橡胶圈。在避免漏气的方法上.涂抹适量真空脂在橡胶圈上，再用卡箍卡紧，能使衔接处更紧密的贴合在一起。假如没有卡紧卡箍，就会形成空气走漏，导致在抽取真空的时分仪表盘显示数显值大于20pa，此刻就应该查看真空泵以及冷冻干燥机玻璃罩的气密性。
　　冷冻干燥机主机的右侧板上设有两个电源插座，一个将真空泵的电源线衔接上主机，再将第二个冷冻干燥机上的总电源插上电源。
　　真空泵工作前必须查看是否加入真空泵油，不然不能正常运行。油面不得低于油镜的中线，真空泵刚开始时运用时有比较强烈的抖动，渐渐的会变的平稳。
　　假如气密性欠好，应该在冷阱上方的密封橡胶圈涂抹一些真空脂，将有机玻璃罩轻旋在橡胶圈上，在翻开真空泵测试其气密性。以保证气关闭的完整。